Jürgen Müller ist außerplanmäßiger Professor für Neuere Geschichte an der Johann Wolfgang Goethe-Universität in Frankfurt am Main
Von 1989 bis 2025 bearbeitete er als wissenschaftlicher Angestellter der Historischen Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften die Quellenedition zur Geschichte des Deutschen Bundes
Von 1994 bis 2020 war Jürgen Müller Redakteur und (seit 2009) Herausgeber des Rezensionsteils der Historischen Zeitschrift